Article détaillé : Saison 1 de Fort Boyard.

La première émission des Clés de Fort Boyard est diffusée le 7 juillet 1990.

Des changements significatifs sont effectués lors de la dixième émission (après les neuf premières émissions correspondant à la première session de tournage), Marie Talon est remplacée par Sophie Davant et le temps des épreuves est rallongé de 50 à 60 minutes. Une épreuve bonus, le saut à l'élastique, apparaît après la récolte du trésor. Le candidat, tiré au sort, doit alors récupérer une clé en or afin d'obtenir un bonus de 35 000 F, à cumuler avec les gains de la salle du trésor¹².

Cette première saison ne rencontre pas le succès escompté. Elle sera maintenue notamment grâce aux pressions des producteurs du jeu, Marie-France Brière (alors également directrice des programmes de la chaîne), et Jacques Antoine⁷⁷.

et

Apparition des célébrités

Lors des premières années du jeu, les candidats sont des anonymes qui jouent pour leur compte. En 1990, le rugbyman Didier Camberabero est la première célébrité à participer à l'émission. Il est alors entouré d'anonymes. La première équipe composée uniquement de célébrités est apparue sur le fort pour une émission spéciale à la fin de la saison 1991 au profit des Restaurants du cœur. À la suite de l'audience réalisée par cette émission (11,6 millions de téléspectateurs), la production renouvelle l’événement à deux reprises l'année suivante. À partir de 1993, tous les candidats sont des célébrités, jouant pour des associations, avec parfois des bénévoles de ces associations venant compléter l'équipe.

Les années 1990

À partir de 1991 et l'apparition des aventures et de la salle du trclassique », l'émission ne change quasiment pas d'une année à l'autre. En 1992, quatre équipes perdent et se voient offrir 5 000 francs, ce qui est un record. Cette même année, les prisons font leur apparition, au rez-de-chaussée dans la salle 004 jusqu'en 1996. Le conseil apparaît en 1995.

Dans la nuit du 28 au 29 mai 1996, la cellule 211b qui accueille l'épreuve de la cagoule (le candidat attaché et les yeux bandés devait s'échapper en se détachant à l'aide d'un couteau) disparaît dans un incendie. Il détruit aussi la cellule voisine 211 hébergeant l'aventure des araignées et scorpions et endommage les cellules 212 et 213. Pour les tournages au mois de juin, il n'y a aucun retard, la production est assurée et des câblages électriques rétablis.

En 1996, Bruno Solo, Gaël Leforestier et Jean-Luc Reichmann marquent l'histoire du jeu pour leur conduite ingouvernable. Dans leur équipe « indocile » se trouvaient également Sylvain Mirouf, Muriel Cousin et Florence Attali-Ranger⁷⁸.

Le jeu rencontrant un important succès, certaines saisons (1991, 1992 et 1996) étaient prolongées pendant l'automne, voire jusqu'à l'hiver. En 1997, la saison s'est terminée à la fin de l'été mais des émissions spéciales tournées de nuit ont été diffusées pour la Toussaint, Noël, le Nouvel An et en février.