En 2000, Jean-Pierre Castaldi remplace Patrice Laffont à l'animation. Pour sa première, Patrice et Sophie Davant reviennent comme candidats. Cette saison marque également l'arrivée de Lumineuse, personnage féerique vivant dans le cercle des lumières (considéré comme l'un des plus beaux décors que le fort ait connus79) et permettant aux candidats de doubler leurs gains en trouvant la couleur du jour.

En 2001, les Yamakasi gagnent 243 480 francs (121 740 francs doublés grâce à la couleur de Lumineuse)80, soit environ 37 118 €, ce qui reste aujourd'hui le record de gains de l'émission (en dehors de la saison 2010 où l'équipe gagnante du tournoi a remporté au total 70 000 €81).

La saison 2002 est marquée par une volonté de durcir le jeu et Jean-Pierre Castaldi campe un rôle plus « méchant » avec les candidats. L'entrée dans le fort se mérite avec une épreuve mettant en scène des animaux. À la fin de l'émission, les candidats enchaînent trois aventures dans un relais où il faut obligatoirement réussir la dernière aventure pour remporter jusqu'à trois indices (les aventures précédentes servant uniquement à gagner du temps pour cette dernière aventure). Didier Hervé, qui remplace Yann Le Gac dans le rôle du père Fouras, est critiqué pour son interprétation82. De même pour Jean-Pierre Castaldi qui se voit reprocher des changements dans sa manière d'animer83. Le bilan de cette année 2002 est médiocre : avec une audience en constante baisse, l'émission semble condamnée. La chaîne lui laisse une dernière chance à la condition d'une refonte importante du jeu84.

En 2003, Olivier Minne et Sarah Lelouch remplacent Cendrine Dominguez et Jean-Pierre Castaldi à l'animation et Yann le Gac reprend le rôle du père Fouras. Le chronomètre général de 85 minutes est séparé en deux chronomètres de 45 minutes pour les épreuves et 20 minutes pour les aventures, avec la partie intermédiaire et le Conseil de nuit entre deux. Entre 2006 et 2009, l'émission est tournée de jour et se termine par la salle au trésor de nuit (déroulement de l'émission qui ne réapparaîtra qu'en 2019).

Dès 2003, les prisons sont déplacées au sous-sol et les candidats s'en libèrent pendant la nuit. De 2005 à 2008, les candidats faits prisonniers doivent s'échapper en parcourant un souterrain durant la partie intermédiaire. En 2005, même si un candidat a parcouru tout le souterrain, il peut ne pas être libéré si les autres candidats n'ont pas réussi suffisamment de duels au conseil. De 2006 à 2008, les candidats sont libérés automatiquement après leur parcours dans le souterrain. En 2009, les candidats ne sont plus faits prisonniers dans le souterrain mais dans la salle des coffrets. Pour être libéré, le candidat doit, au moins, accepter d'essayer le défi proposé. En ce cas, même s'il ne le réussit pas, il est libéré.

Pour la 1000e émission (versions étrangères incluses) et les quinze ans du jeu en France, une équipe d'enfants de 9 à 15 ans participe à une émission diffusée le 31 juillet 200485. Ils remportent 18 320 € au profit de l'association Petits Princes. Cette émission est suivie en deuxième partie de soirée par une émission spéciale avec Olivier Minne, Sarah Lelouch, Patrice Laffont, Sophie Davant et Cendrine Dominguez retraçant les 15 ans du jeu et faisant découvrir les coulisses de l'émission.

ancien personnage du fort 2000

Jaba

Interprète :
Yan LUKES 2000)

Lumineuse

Interprète :
Petra KÄLLSBÄCK (2000

Lutteuse

Interprètes 

, Héloïse BRUNET 2000

Magicien

Interprètes 

Jean-Hervé GOYOT 2000

Ariane

Interprètes :
 Stéphanie LESAGE 2000)